أنشئت كلية العلوم بصدور مرسوم ملكي في يوليو 1950 كجزء من جامعة " إبراهيم باشا الكبير" بمدينة القاهرة. وفي عام 1954 عدل الإسم إلي جامعة "هليوبوليس " وهي التسمية الإغريقية لمدينة " أون "، أول عاصمة لمصر الفرعونية. وفي سبتمبر من نفس العام عدل الإسم ليصبح جامعة " عين شمس "، وإتخذت الجامعة من المسلة والصقرين رمز لها حيث تدل المسلة علي بيت الحياة لمدينة " أون " (" عين شمس ") ويرمز الصقران إلي الإله " حورس " أهم الألهة المصرية آن ذاك.

بدأت الدراسة في كلية العلوم في منطقة الأورمان، محافظة الجيزة حيث تم تسجيل بعض من طلاب معهد المعلمين في الكلية الجديدة في ذلك الوقت ليمثلوا النواة الأولى للكلية.

وفي عام 1951  تم نقل كلية العلوم الى المنطقة المحيطة بقصر الزعفران التاريخي الحالي. وكانت أول دفعة تحصل علي درجة بكالوريوس العلوم في عام 1953.

أنشئت الدراسات التأسيسية في كلية العلوم في سبعة أقسام وهي: الرياضيات البحتة والرياضيات التطبيقية، الكيمياء، الفيزياء، الجيولوجيا، علم النبات، علم الحيوان.

وفي عام 1956 تم انشاء قسم علم الحشرات،

وفي عام 1959 أنشئ قسم الكيمياء الحيوية،

وفي عام 1983 تم ضم قسمي الرياضيات البحتة والرياضيات التطبيقية في قسم الرياضيات.

ثم أنشئ قسم الجيوفيزياء عام 1993 وقسم الميكروبيولوجي عام1994،

وبذلك يصل العدد الي عشرة أقسام علمية هي:

قسم الرياضيات -  قسم الفيزياء - قسم الكيمياء

قسم الجيولوجيا - قسم النبات - قسم علم الحيوان

قسم علم الحشرات - قسم الكيمياء الحيوية - قسم الجيوفيزياء - قسم الميكروبيولوجى

قرار انشاء الكلية